Da quello che vedo io dal datasheet i "fail safe pins" sono quelli con protezione ESD e senza diodi di clamp collegati a Vdd e GND.
Gli ingressi con i diodi di clamp "not fail safe pins" non possono essere collegati a tensioni maggiori di 0,3V quella di alimentazione e minori di 0,3V rispetto a GND altrimenti i diodi sarebbero polarizzati direttamente per proteggere l'ingresso.
Ivece i "fail safe pins" sono quelli 5v tolerant, quelli dove le condizioni precedenti possono essere superate.
Di seguito il link ad un documento dove viene spiegato tutto bene:
Use Conditions for 5-V Tolerant GPIOs on Tiva™ C Series TM4C123x Microcontrollers
Ciao,
Dario