Ciao,
il vantaggio della funzione capture e' quella di avere degli interrupt dedicati e il fatto che la lettura del timer avvenga automaticamente salvata per essere letta. Questo permette di armonizzare il tutto in sistemi più complessi in cui molteplici attività devono essere coordinate.
Usare solo il timer e' possibile, ma dovresti tener conto delle istruzioni necessarie per permettere di leggere il timer.
Armonizzare il tutto in un ambiente con interruzioni potrebbe essere scomodo, visto che attività di lettura non dovrebbero essere interrotte. Usando la funzione di capture hai meno preoccupazioni.
Per quanto riguarda gli overflow devi fare attenzione e gestirli in maniera opportuna.
...ma mi sembra di capire che il tutto gia' funzioni!
Saluti,
Mauro